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测序数据中的两个基因之间的相关性

2023-08-08 19:32:03     来源 : 哔哩哔哩


(资料图片仅供参考)

最近在做单细胞测序的基因相关性分析,毕竟真小白,之前也没做过,就去网上找,发现没有,只有一篇大佬写的,但我觉得作图很奇怪,我就自己到处乱查一通,有了自己的新分析方法哈哈哈哈哈哈,这篇就记录一下怎么分析两个基因之间的相关性吧。

首先就是TCGA和RNAseq的,两个差不多,网上也有很多教程,这边就随便搞了一下

然后就是单细胞测序的,我一开始是参考了这个大佬的

/p/9850c4d88a67

但散点图,这样每个点代表一个细胞,由于又是count出来的图就奇奇怪怪

如下:

所以,我想起我以前看过的文献单细胞测序的基因相关性散点图,图上一个点代表一个细胞

于是我就开始自己创作:

这个相关性不好,原理就是把scRNAseq变成了RNAseq,统计肿瘤细胞群中每个样本的每个基因平均表达量,然后再看基因相关性。

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